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中國水產科學研究院鯉遺傳育種工程技術研究中心（以下簡稱中心）依托中國水產科學研究院黑龍江水產研究所“鯉鯽遺傳育種創新團隊”和“淡水魚類基因組學與基因編輯創新團隊”，于2021年11月經中國水產科學研究院批準成立，是院屬13個工程中心之一。工程中心現有固定工作人員18名，其中研究員6人、副研究員4人、助理研究員6人、研究實習員2人；流動人員23人。

自成立以來，先后承擔國家重點研發計劃、國家大宗淡水魚產業技術體系、黑龍江省自然科學基金團隊項目、中國水產科學研究院科技創新團隊項目等多項研究任務。獲國家原種和良種審定委員會審定通過的鯉新品種2個（鏡鯉“龍科11號”和鯉“龍科12號”），年推廣示范苗種3億尾以上。

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