理事會由理事長單位、副理事長單位、理事單位組成。理事長（副理事長）單位應是在聯盟建設與運行中對冷水性魚類產業技術創新發展具有宏觀調控、管理和號召力的機構。
理事單位主要由企業、大學、科研機構及其他組織機構等組成。作為理事單位的企業需處于行業骨干地位；作為理事單位的大學或科研機構在冷水性魚類研究和應用技術領域應具有前沿水平。
理事長、副理事長及理事應從相應的理事單位中產生。理事長、副理事長由全體理事民主選舉產生。理事長單位、副理事長單位和理事單位任期一般為五年，可連選連任。理事單位發生名稱變更而基本職能未變，應向理事會提出名稱變更申請，經同意后，由秘書處辦理名稱變更手續，更名后的理事單位的理事身份和其在理事會中的職責、權利和義務不變；理事單位發生職能改變，由理事會根據其職能變化情況討論決定是否保留其理事資格。理事會根據聯盟建設發展需要，確定增補事宜。理事會成立、理事變更等需向社會公布。
聯盟理事會由聯盟成員單位的法定代表人或其委派的代表組成，設理事長一名。首任理事長由聯盟發起組織單位的負責人擔認。
理事會組成名單
職務 |
姓名 |
理事長 |
金星 |
副理事長 |
王炳謙、王文琪、王斌、李杰人、孫大江、莊平、江世貴、鄒桂偉、吳淑勤、徐浩、徐跑、董雙林 |
理 事 |
石振廣、左中原、申志新、史健全、朱華、朱永安、劉漢元、劉曉勇、劉剛、曲力、李建玉、李國強、沈希順、杜軍、鄒民、何玉良、張艷萍、苗建生、范兆廷、范鎮民、羅英波、郭焱等 |