水產生物技術學科為黑龍江水產研究所傳統優勢學科，本學科包括水產生物重要經濟性狀的遺傳解析、鯉科魚類群體基因組學與選擇技術和經濟魚類基因編輯技術建立及種質創新3個研究方向，主要從事魚類基因組資源開發、水產分子育種理論與技術創新、重要經濟性狀遺傳機制解析等的科研攻關。
近5年來，先后承擔國家重點研發計劃“藍色糧倉科技創新”重點專項、農業財政專項、國家自然科學基金等20余項；獲得國家科技進步二等獎1項、省部級科技獎1項、院級科技獎勵2項；出版專著5部，授權發明專利10余項，發表論文140余篇，其中SCI論文50余篇。
本學科在國內率先開展水產分子育種理論與技術創新，自上世紀90年代開始開展DNA分子標記與經濟性狀的關系研究，先后鑒定出鯉、鯽、草魚等主要養殖種的多態性標記8000多個，150余種魚類3000多個DNA條形碼，建立了分子水平的種質鑒定技術；構建了鯉的四代連鎖圖譜和分子育種新技術，促進了鯉的育種技術進步和品種的更新換代；挖掘一大批具有育種潛力的分子標記和基因，克隆了與肌間刺、脂肪酸、耐鹽堿等性狀相關的基因并進行了功能解析；在基因組資源開發方面，完成了鯉全基因組序列圖譜繪制，成果發表于國際頂尖生物學期刊《Nature Genetics》，推動了在全基因組尺度上開展鯉重要經濟性狀的精確解析和基因組輔助良種選育的進程。
學科發展目標：圍繞選育品質，抗逆魚類新品種的需要，分離、鑒定與肌間刺、脂肪酸、耐鹽堿等優良性狀相關的功能基因（簇），明確其調控元件和功能；充分利用國內外魚類種質資源，建立種質遺傳物質保存、多樣性鑒定分析技術，集成創新育種新方法和新途徑，選育出符合市場需求、有重大應用前景的新品種；積極建立分子育種與種質遺傳資源保存平臺，為行業機構提供新技術、新方法；培養生物技術及分子育種高級專業人才，促進我國水產生物技術學科基礎理論與應用技術的全面發展，在水產生物技術領域達到國內領先，國際一流。
